کلیسای سن استپانوس، یا کلیسای استفانوس مقدس دومین کلیسای مهم ارامنه ایران است که از نظر اهمیت بعد از قره‌کلیسا قرار می‌گیرداین بنا در استان آذربایجان شرقی در ۱۷ کیلومتری غرب شهر جلفا و در فاصله ۳ کیلومتری کرانه جنوبی رودخانه ارس در محلی به نام قزل وانک (صومعه سرخ) واقع شده‌است. این کلیسا در سده نهم میلادی ساخته شده‌است ولی به علت زلزله دچار آسیب‌های جدی شده بود که در دوران صفویه مورد مرمت و بازسازی قرار گرفت. این اثر در تاریخ ۱۵ اسفند ۱۳۴۱ با شمارهٔ ثبت ۴۲۹ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده‌است. کلیه محوطه کلیسا در قلب کوه‌ها و در میان طبیعت سبز منطقه مرزی جلفا و جمهوری آذربایجان قرار گرفته‌است. این کلیسا مورد احترام تمام مسیحیان و تقریبا تمامی ادیان است اما در واقع به شاخه مسیحیان گریگوری (پیروان گریگور روشنگر) که ساکن ارمنستان هستند تعلق دارد. در یک روز از سال هزاران نفر از ارمنیان در این نقطه گردهم می‌آیند تا ضمن زیارت، مراسم و مناسک خاص خود را به‌جای آورند. سنت استپانوس برگرفته شده از نام استپانوس ( یا همان استفان در زبان ارمنی) شهید اول راه مسیحیت است و در اغلب کشورهای جهان کلیساهای متعددی با همین نام وجود دارد. همچنین به دلیل متروکه بودن محل، به خارابا کلیسا نیز شهرت دارد. سنت استپانوس یا سنت استفان اولین شهید راه مسیحیت است که در ۲۶ دسامبر سال ۳۶ میلادی در اورشلیم توسط یهودیان سنگسار شد. درباره تاریخ بنای کلیسا، اظهارات گوناگونی ابراز شده‌است. عده‌ای آن را از بناهای اوائل مسیحیت، می‌دانند برخی چون تاورنیه بنای آن را به دوره صفویه نسبت می‌دهند. در حالی که شیوه معماری بنا، مصالح ساختمانی و تزئینات مفصل و زیبای آن مؤید این مطلب است که کلیسا همانند و هم زمان با کلیساهائی چون طاطائوس در بین قرن چهارم تا ششم هجری (دهم تا دوازدهم میلادی) ساخته شده‌است و سبک معماری آن تلفیقی از شیوه‌های مختلف معماری اورارتو، اشکانی و رومی است که بعد از به وجود آمدن بناهای شگرف سنتاچمیادیزین، طاطائوس و آختامار و سنت استپانوس به شیوه معماری ارمنی شهرت یافت.این کلیسا در محوطه‌ای محصور از درختان و دره سرسبزی واقع شده و حصار سنگی که بنا را احاطه نموده بارویی است بلند با هفت برج نگهبانی و پنج پشت استوانه‌ای سنگی مانند دژهای مستحکم دوره ساسانی و قرون اولیه اسلام. دروازه این بارو در وسط دیوار غربی تعبیه شده و دارای دری چوبی وآهن کوبی شده‌است. در پایه‌های طرفین و طاق جناغی آن سنگ تراش با حجاری‌های ظریف به‌کار رفته و نقش برجسته‌ای از مریم و کودکی عیسی در پیشانی طاقنمای آن به‌چشم می‌خورد. بر روی دیوارهای خارجی کلیسا، نقش برجسته‌های زیبایی قرار دارد که از جمله آنها می توان سنگسار شدن استپانوس مقدس در ضلع شرقی، مصلوب شدن حضرت مسیح در ضلع غربی و عروج حضرت مسیح را نام برد. این کلیسا دارای سه ساختمان اصلی و مشخص و همچنین قسمتهای فرعی مختلفی است. سه قسمت اصلی عبارتند ار: نماز خانه اصلی، اجاق دانیال، برج ناقوس.این بنای تاریخی به شماره ۴۲۹ در فهرست آثار ملی ایران ثبت گردیده و به خاطر قدمت و سابقه تاریخی و مذهبی و شیوه معماری منحصر به فرد آن در سال ۱۳۸۶ همراه با کلیساهای دیگر در استان آذربایجان، در میراث جهانی یونسکو به ثبت رسید.در سال ۱۳۸۴ کارشناسان سازمان میراث فرهنگی طی مرمت بنا، بقایای استخوان حواریون و قدیسین مسیح را کشف کردند که طبق روایات تاریخی در این کلیسا نگهداری می‌شده‌است. آن‌ها بقایای استخوان‌ها را در میان دو طاق کلیسا شناسایی کردند. علاوه بر بقایای استخوانی چند تکه تخته مربوط به جعبه‌های نگهداری این استخوان‌ها، چند تکه پارچه زرد و آجری، تکه‌های موم، گِل اخرا و دانه‌های کُندر نیز در این محوطه شناسایی شده‌است.اسقف اعظم و خلیفه ارامنه تهران و شمال ایران با ارزشمند خواندن بقایای استخوانی یافت شده در این کلیسا از احتمال تعلق این بقایا به جسد حضرت یحیی خبر داد.